Syrakus liegt an der südöstlichen Küste Siziliens im Mündungsgebiet der Flüsse Anapo und Ciane. Der Kern der Altstadt befindet sich auf der 40 ha großen Insel Ortygia. Diese liegt zwischen zwei Naturhäfen und ist nur durch eine enge Durchfahrt vom Festland getrennt. Die Insel ist mit einer ergiebigen Süßwasserquelle versehen. Syrakus ist ca. 64 km vom Flughafen Catania entfernt.

Das Klima ist das ganze Jahr über angenehm mild.